第二军医大学与共和国同龄，创建于1949年9月，当时称华东军区人民医学院，主要由华东医务干部学校、第三野战军卫生部医学院、国民党原国防医学院部分留大陆人员和从地方招聘的专家教授组成。1950年10月，更名为上海军医大学。1951年7月9日，由中央军委正式命名为第二军医大学。建校58年来，全校同志发愤图强，锐意进取，学校在困难中前进，在曲折中发展，取得了巨大建设成就。学校发展历程大体可分为四个阶段。
    
     第一阶段(1949年至1952年)是建校初期
    
    我校校本部的校址是原国民党国防医学院的旧址，国民党逃往台湾时，除医院留下一些设备外，国防医学院基础部分只剩下空房子，教学设备全部搬到台湾去了。因此，当时建校十分困难。在上级党委和领导的关怀和支持下，全校同志克服重重困难，艰苦奋斗，在极其简陋的条件下，赶制了一些木制课桌椅，终于在1949年9月12日正式开学。显微镜是从市场上各个医疗器械商店买来的，有些还是旧的，数量也不够，几门课要共用。教材不完整，就从书店买一些旧的教材，自己动手油印一些，更多的是靠老师课堂讲，学员记笔记。没有有线广播，用电铃报作息时间。全校师生和医护人员就是这样，不畏艰难，情绪十分高涨，坚持边教学医疗，边建校建院，一所大学就这样诞生了。
    
     第二阶段(1954年至1965年)是建设时期
    
     在这一阶段，全校同志在物质条件十分困难的情况下，齐心协力，奋发图强，学校的基本建设逐步加强，办学规模不断扩大，教学、医疗和科研工作成效明显，为学校的发展奠定了坚实基础。一是规范了教学工作。1954年，在苏联专家帮助下，制定了军医和药学专业新的教学计划和大纲。现在全军医学院校使用的教学计划和大纲，都是在这个基础上，逐步修订而成的。二是完善了办学体系。1955年创办了卫勤系，1960年增设了海医系，1961年开始承担外军医学留学生培训任务。三是形成了传统特色和优势。这个阶段，我校在烧伤救治、肝脏外科、心脏外科等领域，取得了突破性成果，形成了学校传统的学科优势和特色——“烧、心、肝”。
    
     第三阶段（1966年夏至1976年秋）是文革时期
    
     十年浩劫，使学校遭受了历史上最严重的破坏。400余名干部、教师、医生、护士受到迫害，504名干部被下放到宁夏贺兰山“五?七”干校劳动改造。1969年10月，学校奉命搬迁到西安现第四军医大学校址，1975年8月，学校又奉命迁回上海。在这样来回动荡中，广大教职员工根本无法安心工作，教学工作完全停止达4年，除个别国家重点研究课题外，科研工作停止了将近10年。医疗工作虽然没有中断，但由于人心涣散，人人自危，医护质量显著下降。代价沉痛，教训深刻。
    
     第四阶段(1977年至今)是发展时期
    
     粉碎“四人帮”以后，经过拨乱反正，学校全面贯彻党的十一届三中全会以来的路线、方针、政策，积极推进以教学为中心的各项改革，从指导思想到办学实践，从德育教育、知识传授到能力培养，从学科建设、人才培养到科研创新，从师生的精神风貌到学校的办学条件和内部管理，都发生了前所未有的巨大变化。特别是1997年跻身国家“211工程”重点建设院校以来，学校教、医、研等各项工作得到了快速发展，去年并以优秀成绩通过国家和总部组织的“十五”“２１１工程”验收。