南京审计学院是我国唯一以“审计”命名的财经类高等院校。学校前身为始建于1983年的南京财贸学院；1987年更为现名；1991年由审计署直属；1993年升格为本科院校；2000年，调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；2002年，原南京金融高等专科学校并入南审，组建新的南京审计学院；2009年，取得硕士学位授予权立项建设单位资格。