拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地（上海航运中心建设研究方向）等省部级重点研究基地。上海国际航运研究中心挂靠学校。设有水上训练中心，拥有万吨级“育锋”教学实习船，“天鹰”、“天琴”两艘无限航区远洋训练帆艇及29艘水上训练艇。