学校有“工业过程自动化”（与上海工业自动化仪表研究所共建）国家工程研究中心、上海理工大学国家大学科技园、“光学仪器”国家质量监督检验中心、“经济管理实验中心”、“现代出版印刷实验教学中心”和“能源动力工程实验中心”三个国家级实验教学示范中心，学校有“微创医疗器械”教育部工程研究中心、“光学仪器与系统”教育部工程研究中心、国家数字印刷工程研究中心、“现代光学系统”上海市重点实验室、“数字传播科学”新闻出版总署重点实验室；“精密磨削技术”、“环保制冷剂应用研究”、“汽车底盘机械零部件强度与可靠性评价”、“精密光电测试技术与仪器”、“数控机床优化技术”5个机械工业联合会重点实验室。