有15个实验室（分设23个专门性教学实验室），11个科研机构，2个生药标本馆——“滇南本草馆”和“神农本草馆”，1个民族医药展示室。中医药学分子生物学重点实验室和云南民族药现代研究重点实验室为云南省高校重点实验室建设项目，临床技能综合模拟实验中心为云南省实验教学示范中心。