根据国家规定，学生入学后必须交纳学费、住宿费等费用。根据新价非字（2000）28号文、新价非字（2000）29号文规定，昌吉学院2012年各类新生学费及住宿费收费标准如下（元/生•年）：
    文史类各专业：本科：3100，专科：2900；
    理工类各专业：本科：3500，专科：3300；
    外语类各专业：本科：3800，专科：3500；
    体育类各专业：本科：3300；
    艺术类各专业：本科：6000。
    住宿费标准：8人间600；6人间800；4人间1000。