学校现有2个一级学科国家重点学科、4个二级学科国家重点学科(国家重点学科覆盖的二级学科达9个)，26个省部级重点学科；9个国家级特色专业，30个江苏省品牌特色专业（含建设点），4个国防重点建设专业，4个国防特色紧缺专业。
    南京理工大学“十一五”国家重点学科
    一级学科国家重点学科
    ★兵器科学与技术 （含武器系统与运用工程，兵器发射理论与技术，火炮、自动武器与弹药工程，军事化学与烟火技术4个二级学科）
    ★光学工程
    二级学科国家重点学科
    ★材料学
    
    ★电磁场与微波技术
    ★应用化学
    
    ★模式识别与智能系统
    南京理工大学“十一五”江苏省重点学科
    光学工程 机械电子工程
    纳米材料及相关技术 通信与信息系统
    计算机应用技术 工程热物理
    控制理论与控制工程