学校设有140多个研究机构，其中国家重点实验室2个，国家工程实验室1个，国家工程技术研究中心1个，科技部国际科技合作重点科研机构1个，教育部重点实验室5个，教育部工程技术中心2个，教育部文科重点研究基地5个，福建省重点实验室、中心6个，福建省高校重点实验室、文科基地20个，厦门市工程技术研究中心4个。