学校前身是成立于1951年的山东省昌潍医士学校，1958年扩建为昌潍医学院，1987年更名为潍坊医学院。1986年经国务院学位委员会批准成为全国第三批硕士学位授予单位。自2002年起，学校与山东大学、南方医科大学、华中科技大学等联合培养博士研究生。